حصلت الشركة في 1994 على ترخيص للقيام بنشاط المقاصة وتسوية المعاملات المالية للأوراق المالية التي تتم بالبورصة وما يرتبط بهامن خدمات، و بدأت الشركة مزاولة نشاطها اعتبارًا من أول أكتوبر 1996 بهدف رئيسي هو تحويل التعامل على الأسهم من صكوك أسهم مطبوعة إلى التعامل من خلال قيود دفترية . تغير اسم الشركة في أغسطس 1997 من شركة مصر للمقاصة وتسوية المعاملات المالية إلى شركة مصر للمقاصة والتسوية والحفظ المركزي. وفي يناير 2006 ، تم تعديل الاسم إلى شركة مصر للمقاصة والإيداع و القيد المركزي ليتوافق مع الأنشطة المنوطة بها بعد صدور قانون الإيداع والقيد المركزي رقم 93 لسنة 2000 .

حرصت شركة مصر للمقاصة على ان تشارك فى المنظمات العالمية الخاصة بشركات التسوية الايداع المركزي . كما قامت شركة مصر للمقاصة مع مجموعة من الدول العربية والافريقية بانشاء منظمة شركات الايداع والقيد المركزي لدول افريقيا والشرق الاوسط – اميدا عام 2005.كما تحرص شركة مصر للمقاصة على عقد توقيع مذكرات تفاهم وتعاون مشترك مع شركات التسوية الايداع المركزي فى العالم وتهدف الاتفاقيات إلى خلق سبل عديدة للتعاون بين الطرفين من خلال تبادل المعلومات وتقنيات العمل وتحقيق قنوات اتصال مما يثمر عن توطيد العلاقات وتحقيق الاستفادة المثلى لكل من أطراف الاتفاقية