يعرف "نظام الدفع" على أنه مجموعة الوسائل، والإجراءات، والقواعد الخاصة بعملية تحويل الأموال بين الأعضاء المشاركين داخل النظام (البنوك والمؤسسات المالية)، وذلك وفقا لاتفاق مبرم بين كافة الأعضاء المشاركين بالنظام وبين مشغل النظام؛ على أن تتم عملية انتقال الأموال باستخدام بنية أساسية فنية وفقا لتقنيات متفق عليها.
تُستخدم شركة مصر للمقاصة منذ عام 2002نظام الدفع الإلكتروني (SWIFT)بدلاً من تقديم النقد في المعاملات المحلية والدولية. وذلك بالإتفاق مع البنوك والمؤسسات المالية الأخرى.
تم إستحداث تطبيق أنظمة الدفع الحديثة بالشركة كبدائل نقدية مقارنة بأنظمة الدفع التقليدية. ويشمل ذلك بطاقات السحب الآلي(ATM) و خدمة فوري ، غرفة المقاصة الألية (ACH) ، والخدمات المصرفية عبر الإنترنت .